Zeuthen hat zwei Ortskerne, das alte Angerdorf Miersdorf südwestlich des heutigen Zentrums, und ebendieses, das nach dem Bau der Bahnstrecke Berlin–Görlitz zwischen Bahnhof und Seeufer entstand. Der Ortsteil Miersdorfer Werder liegt auf der Ostseite des Sees und ist nur über das Territorium von Wildau und Königs Wusterhausen zu erreichen. Früher fuhr auch eine Fähre zwischen den beiden Seehälften, doch wegen eines zu geringen Umsatzes ist der Fährverkehr eingestellt worden. Nachbargemeinden sind Eichwalde im Norden, Schulzendorf und Schönefeld im Westen, Wildau im Süden, Königs Wusterhausen im Südosten und Berlin-Schmöckwitz im Nordosten. An den Grenzen zu Eichwalde, Schulzendorf und Wildau geht die Bebauung nahtlos in die der Nachbargemeinden über, eine Zuordnung der Grundstücke nach Gemeinden fällt ohne Kartenwerk oft schwer. Zeuthen bildet somit das Zentrum eines aus diesen vier Gemeinden bestehenden Siedlungskörpers. Das Zeuthener Gemeindegebiet ist zum großen Teil bebaut, die Freiflächen bestehen vorwiegend aus Wald- und Wasserflächen. Es gibt fast keine landwirtschaftlich genutzten Flächen.